A felesége elvesztését gyászoló Bourne-t villámcsapásként éri a hír, hogy Martin Lindros, az utolsó ember, aki ismeri a múltját, és akit barátjának nevezhet - eltűnt. A CIA igazgatóhelyettesének egy Etiópiában végrehajtott művelet során veszett nyoma, ahol is csapatával gyanús, atombomba előállításához szükséges anyagok és uránium-szállítmányok után nyomoztak. Bourne nem engedheti, hogy egyetlen barátja, aki révén az emberiséghez kötődik, mindörökre eltűnjön az életéből. Így -bármennyire is gyűlöli a CIA-t és munkamódszereit- elhatározza, hogy megmenti Lindrost és bevégzi a munkáját: anyagi forrásaik elapasztásával felszámolja a terrorista hálózatot, amely nukleáris arzenál kiépítésére készül. Ám nem számol vele, hogy ez az iszlám fundamentalisták által vezetett, hihetetlenül veszélyes, a legkorszerűbb technikai eszközökkel felszerelt csoport befolyással bír nemcsak Afrikában és a Közép-Keleten, de még Ukrajnában is. Nem csupán tudnak róla, de a háttérből irányítják is Bourne minden lépését, aki így akaratlanul is segítségükre lesz legfőbb céljuk, Amerika lerombolásának elérésében.